本书在第1版基础上修订而成，分34章，系统阐述了实时荧光 PCR技术的基础理论和临床检测方法，包括临床 PCR技术的发展历史及趋势，实时荧光 PCR技术的基本原理和方法，临床 PCR实验室的设计及质量管理体系的建立，临床 PCR检验标本的采集、运送、保存及核酸提取，实时荧光 PCR测定的数据处理，实时荧光 PCR仪及其发展，临床 PCR检验仪器设备的使用、维护和校准，临床 PCR检验的质量保证，病毒核酸检测的标准物质及其应用，以及各型肝炎病毒、人免疫缺陷病毒G1、人乳头瘤病毒、巨细胞病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒、EB病毒、流感病毒、风疹病毒、麻疹病毒、手足口病病原体、埃博拉病毒、中东呼吸综合征冠状病毒、沙眼衣原体、结核杆菌、淋病奈瑟菌、幽门螺杆菌、肺炎支原体、刚地弓形虫、解脲支原体等实时荧光 PCR检测及临床意义、EGFR基因、KRAS基因、BRAF基因、 PIK3CA基因等实时荧光 PCR检测及临床意义.
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第1章 临床PCR技术的发展历史及趋势(1)
第一节PCR的起源和耐热DNA聚合酶的应用(1)
一、PCR的起源(1)
二、耐热DNA聚合酶的应用(2)
第二节PCR的基本原理(3)
第三节PCR的反应动力学(5)
第四节PCR的扩增体系和扩增条件(5)
一、PCR扩增体系的基本要素(5)
二、PCR的标准扩增体系(8)
三、PCR扩增的增强剂(9)
四、降落PCR(9)
五、热启动PCR(10)
六、COLDGPCR(10)
七、PCR扩增结果分析(11)
第五节PCR的特点(12)
一、高特异性(12)
二、高灵敏度(12)
三、简便快速(12)
四、特定的低纯度标本也可使用(12)
第六节PCR的发展(12)
参考文献(13)
第2章 实时荧光PCR技术的基本原理和方法(14)
第一节发展历程(14)
第二节基本原理(15)
一、PCR扩增的理论模式(15)
二、实时荧光PCR的理论基础(16)
三、TaqMan实时荧光PCR的基本原理(17)
四、双链DNA交联荧光染料实时荧光PCR的基本原理(19)
五、双杂交探针实时荧光PCR的基本原理(20)
六、分子信标实时荧光PCR的基本原理(20)
七、蝎形探针实时荧光PCR的基本原理(21)
八、数字实时荧光PCR的基本原理(24)
第三节引物、探针的特点及设计软件(26)
一、引物的特点(26)
二、探针的特点(26)
三、引物和探针设计软件(27)
第四节多重实时荧光PCR(28)
参考文献(28)
第3章 临床PCR实验室的设计及质量管理体系的建立(30)
第一节实验室的分区规划设计(30)
一、标本的接收(30)
二、实验室分区设计的一般原则及工作流程(31)
第二节实验室质量管理体系的建立(39)
一、实验室质量管理概述(39)
二、实验室质量管理的特点(41)
三、质量体系文件的编写(42)
第三节实验室的记录管理(56)
一、记录的种类(56)
二、记录的标识(56)
三、记录的填写(57)
四、记录的封面和目录(59)
五、记录的良好保存(59)
六、记录的保存期限(59)
七、过期记录的处理(59)
八、记录表格样式的持续改进(59)
九、电子记录的管理(60)
第四节实验室验收与实验室认可(60)
一、实验室认可的由来及目的(60)
二、实验室认可与认证的区别(61)
三、实验室验收与实验室认可的关系(61)
参考文献(62)
第4章 临床PCR检验标本的采集、运送、保存及核酸提取(63)
第一节标本采集、运送、保存(63)
一、标本采集(63)
二、标本运送(65)
三、标本保存(65)
第二节常见临床标本的处理和保存(66)
一、血清(浆)样本(66)
二、全血样本(66)
三、外周血单个核细胞(66)
四、痰(66)
五、棉拭子(67)
六、脓液(67)
七、体液(68)
八、乳汁(68)
九、组织(69)
第三节临床标本中PCR抑制物(70)
一、临床标本中PCR抑制物的来源及作用机制(70)
二、几种常见抑制物的作用机制及对策(70)
第四节核酸的提取方法(72)
一、DNA提取的经典方法(72)
二、RNA的提取(73)
三、核酸提取的改良方法(74)
参考文献(78)
第5章 实时荧光PCR测定的数据处理(83)
第一节基本概念(83)
第二节实时荧光PCR外标绝对定量的数学模型(85)
一、基本计算公式的推导(85)
二、纵坐标为起始拷贝数对数值横坐标为Ct时的数学模型(85)
三、纵坐标为Ct横坐标为起始拷贝数时的数学模型(86)
第三节实时荧光PCR相对定量的数学模型(87)
一、相对定量的标准曲线法(87)
二、2-ΔΔCt法(89)
三、2-ΔΔCt的改良方法(89)
四、多重PCR法(91)
第四节用曲线拟合的方法进行数据处理(92)
一、Liu与Saint的方法(92)
二、Ramakers等的方法(92)
三、Tichopad等的方法(92)
参考文献(93)
第6章 实时荧光PCR仪及其发展(94)
第一节PCR仪的发展历史及基本原理(94)
一、空气驱动循环PCR仪(94)
二、变温金属块PCR仪(95)
第二节实时荧光PCR仪简介(95)
一、美国ABI公司生产的实时荧光PCR仪(95)
二、美国Cepheid公司的SmartCycler实时荧光PCR仪(98)
三、美国BioGRad公司的实时荧光PCR仪(99)
四、美国Stratagene公司的实时荧光PCR仪(100)
五、Roche公司的LightCycler实时荧光PCR仪(101)
六、Corbert的RotorGene实时荧光PCR仪(103)
七、Eppendorf公司的Mastercyclereprealplex实时荧光PCR仪(104)
第三节实时荧光PCR仪选择(104)
一、仪器使用的广泛程度(104)
二、工作量(104)
三、耗材的开放性(105)
四、硬件设计特点(105)
五、检测通道和可检测的荧光染料(105)
六、温度梯度功能(105)
七、软件功能(105)
第四节数字PCR仪简介(106)
一、微流控芯片数字PCR(107)
二、液滴数字PCR(107)
第五节实时荧光PCR仪的使用、维护和校准(108)
一、实时荧光PCR仪使用中的注意事项(108)
二、维护和校准(108)
参考文献(111)
第7章 临床PCR检验仪器设备的使用、维护和校准(112)
第一节天平(112)
一、电子分析天平及其分类(112)
二、天平的正确使用(113)
三、天平的选择(114)
四、天平的维护和校准(114)
第二节离心机(115)
一、离心机离心的基本原理(115)
二、离心力和相对离心力(116)
三、离心时间(116)
四、离心转子的选择(119)
五、离心管(119)
六、离心机的分类(119)
七、离心机的使用和维护(120)
第三节微量加样器(122)
一、微量加样器的一般原理及分类(122)
二、加样器的选择及使用(123)
三、加样器的维护和校准(129)
参考文献(133)
第8章 临床PCR检验的质量保证(134)
第一节概述(134)
一、基本概念(134)
二、质量保证、室内质量控制和室间质量评价之间的关系(136)
三、标本采集、运送、保存及其质量控制(136)
第二节室内质量控制(137)
一、测定前质量控制(137)
二、核酸样本的制备、扩增检测及其质量控制(144)
三、统计学质量控制(146)
第三节室间质量评价(160)
一、室间质量评价的程序设计(161)
二、室间质量评价的局限性(164)
参考文献(165)
第9章 病毒核酸检测的标准物质及其应用(167)
第一节概述(167)
一、基本概念(167)
二、病毒核酸检测用标准物质的种类和溯源关系(169)
第二节病毒核酸检测用标准物质的制备(170)
一、原材料的选择和分装(171)
二、均匀性和稳定性(172)
三、定值(174)
四、标准物质的保存(175)
五、核酸检测用标准物质的意义(175)
六、核酸检测用标准物质的展望(176)
参考文献(179)
第10章 甲型肝炎病毒实时荧光PCR检测及临床意义(182)
一、HAV的特点(182)
二、HAVRNA实时荧光RTGPCR检测(182)
三、HAVRNA检测的临床意义(185)
参考文献(186)
第11章 乙型肝炎病毒实时荧光PCR检测及临床意义(187)
一、HBV的特点(187)
二、HBVDNA实时荧光PCR测定(190)
三、HBV变异的检测及其临床意义(196)
四、HBVcccDNA的检测及其临床意义(200)
五、HBV基因型的检测及其临床意义(201)
六、HBVRNA的检测及其临床意义(204)
七、HBV全基因组测定及其临床意义(205)
参考文献(206)
第12章 丙型肝炎病毒实时荧光RTGPCR检测及临床意义(210)
一、HCV的形态和基因组结构特点(210)
二、HCV的复制特点(211)
三、HCV的变异特点及基因型(211)
四、HCVRNA实时荧光RTGPCR测定(212)
五、HCV基因分型检测及其临床意义(220)
参考文献(223)
第13章 人免疫缺陷病毒G1实时荧光RTGPCR检测及临床意义(226)
一、HIVG1的特点(226)
二、HIVG1RNA的实时荧光RTGPCR测定(227)
三、HIVG1RNA测定的临床意义(234)
参考文献(235)
第14章 人乳头瘤病毒实时荧光PCR检测及临床意义(237)
一、HPV的形态和基因结构特点(237)
二、HPV的体内复制特点(239)
三、病毒的变异特点(239)
四、HPV基因型(240)
五、HPVDNA的实时荧光PCR测定(240)
六、HPVDNA检测的临床意义(248)
参考文献(250)
第15章 巨细胞病毒实时荧光PCR检测及临床意义(253)
一、人类巨细胞病毒的特点(253)
二、人类巨细胞病毒实时荧光PCR测定(254)
三、巨细胞病毒PCR检测的临床意义(267)
参考文献(268)
第16章 严重急性呼吸综合征冠状病毒实时荧光RTGPCR检测及临床意义(269)
一、SARSGCoV的特点(269)
二、SARSGCoVRNA实时荧光RTGPCR检测(270)
三、SARSGCoVPCR检测的临床意义(286)
参考文献(286)
第17章 EB病毒实时荧光PCR检测及临床意义(288)
一、EB病毒的特点(288)
二、EB病毒实时荧光PCR测定(289)
三、EB病毒PCR检测的临床意义(294)
参考文献(295)
第18章 流感病毒实时荧光RTGPCR检测及临床意义(296)
一、流感病毒的特点(296)
二、流感病毒的实时荧光RTGPCR测定(298)
三、流感病毒RTGPCR检测的临床意义(320)
参考文献(320)
第19章 风疹病毒实时荧光RTGPCR检测及临床意义(321)
一、风疹病毒的形态和基因组结构及功能特点(321)
二、风疹病毒的复制特点(322)
三、风疹病毒的变异特点及基因型(323)
四、风疹病毒实时荧光RTGPCR测定及其临床意义(323)
参考文献(330)
第20章 麻疹病毒实时荧光RTGPCR检测及临床意义(332)
一、麻疹病毒的形态和基因组结构及功能特点(332)
二、麻疹病毒的复制特点(334)
三、麻疹病毒的变异特点及基因型(335)
四、麻疹病毒实时荧光RTGPCR测定及其临床意义(335)
参考文献(339)
第21章 手足口病病原体实时荧光RTGPCR检测及临床意义(341)
一、手足口病病原体的形态和基因组结构特点(341)
二、手足口病病原体复制特点(341)
三、手足口病病原体实时荧光RTGPCR测定及其临床意义(342)
四、手足口病病原体检测及其临床意义(349)
参考文献(349)
第22章 埃博拉病毒实时荧光定量RTGPCR检测及临床意义(351)
一、EBOV的形态和基因组结构特点(351)
二、EBOV的基因分型(352)
三、EBOVRNA实时荧光RTGPCR测定及其临床意义(352)
参考文献(360)
第23章 中东呼吸综合征冠状病毒实时荧光RTGPCR检测及临床意义(361)
一、MERSGCoV的形态和基因组结构特点(361)
二、MERSGCoV的感染过程(362)
三、MERSGCoVRNA实时荧光RTGPCR测定及其临床意义(363)
参考文献(379)
第24章 沙眼衣原体实时荧光PCR检测及临床意义(381)
一、沙眼衣原体的形态和基因组结构特点(381)
二、沙眼衣原体的实时荧光PCR测定(381)
三、沙眼衣原体PCR检测的临床意义(391)
参考文献(391)
第25章 结核杆菌实时荧光PCR检测及临床意义(394)
一、结核杆菌的特点(394)
二、结核杆菌实时荧光PCR检测(395)
三、结核杆菌PCR检测的临床意义(405)
参考文献(406)
第26章 淋病奈瑟菌实时荧光PCR检测及临床意义(407)
一、淋病奈瑟菌的特点(407)
二、淋病奈瑟菌实时荧光PCR测定(408)
三、淋病奈瑟菌PCR检测的临床意义(418)
参考文献(419)
第27章 幽门螺杆菌实时荧光PCR检测及临床意义(420)
一、幽门螺杆菌的特点(420)
二、幽门螺杆菌实时荧光PCR测定(421)
三、幽门螺杆菌PCR检测的临床意义(430)
参考文献(430)
第28章 肺炎支原体实时荧光PCR检测及临床意义(432)
一、肺炎支原体的结构特点(432)
二、肺炎支原体的实时荧光PCR检测(432)
三、肺炎支原体PCR检测的临床意义(437)
参考文献(437)
第29章 刚地弓形虫实时荧光PCR检测及临床意义(438)
一、刚地弓形虫的特点(438)
二、刚地弓形虫的实时荧光PCR检测(439)
三、刚地弓形虫PCR检测的临床意义(444)
参考文献(444)
第30章 解脲支原体实时荧光PCR检测及临床意义(446)
一、解脲支原体的特点(446)
二、解脲支原体实时荧光PCR检测(446)
三、解脲支原体PCR检测的临床意义(451)
参考文献(452)
第31章 EGFR基因实时荧光PCR检测及临床意义(453)
一、EGFR基因特点及常见突变类型(453)
二、相关靶向治疗药物(454)
三、EGFR基因突变实时荧光PCR测定及其临床意义(455)
参考文献(463)
第32章 KRAS基因实时荧光PCR检测及临床意义(466)
一、KRAS基因特点及常见突变类型(466)
二、KRAS基因突变实时荧光PCR测定及其临床意义(466)
参考文献(477)
第33章 BRAF基因突变的实时荧光PCR检测及临床意义(479)
一、BRAF的基因组结构特点(479)
二、BRAF基因突变实时荧光PCR测定及其临床意义(480)
参考文献(484)
第34章 PIK3CA基因突变实时荧光PCR检测及临床意义(486)
一、PIK3CA的基因结构特点(486)
二、PIK3CA基因突变实时荧光PCR测定及其临床意义(487)
参考文献(497)
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