本书为《计算机化学化工丛书》之一。
本书强调化学图论的实用性，尽可能对介绍的方法给出实例，同时以不同形式给出它们的可运行程序和源程序。前三章简要介绍图论的基本概念、结构编码和拓扑指数;第四章和第五章介绍惟一性连接表及拓扑等价性算法，并详细介绍结构产生器;后三章用较大篇幅介绍了结构-性质相关性研究的成果，主要讨论化合物结构图特征的提取及压缩和构效关系，介绍分子形状的2D和3D表征方法，并给出了化合物相似度的概念及计算，以用于先导化合物的筛选。
本书可供从事计算机化学、生物化学、药物化学、医学化学、毒物化学、环境科学、化工、数据库等方面的研究人员及大学师生阅读参考。
样章试读
目录
- 《计算机化学化工丛书》序
前言
第一章 图论的基本概念
1·1 图的定义
1·2 邻接及关联
1·3 图的同构
1·4 步程、行迹、路径、距离及价
1·5 子图
1·6 正规图
1·7 树
1·8 平面图
1·9 化学图
1·10 图论矩阵
参考文献
第二章 结构编码
2·1 引言
2·2 结构编码
2·2·1 线性编码
2·2·2 邻接矩阵及二维连接表
2·3 三维结构编码
2·3·1 构型空间异构体的编码
2·3·2 构象异构体的编码
2·4 从二维结构到三维结构
2·4·1 基于规则的方法
2·4·2 基于数据的方法
2·4·3 Cyclazocine例子
2·5 子结构及其编码方案
2·5·1 子结构
2·5·2 子结构编码
2·5·3 子结构模型及其线性编码
参考文献
第三章 拓扑指数
3·1 引言
3·2 拓扑指数EAID
3·2·1 EAID指数算法
3·2·2 惟一性验证
3·2·3 由扩展连接矩阵算法产生的其他指数
3·3 全通道算法与拓扑指数
3·3·1 分子结构图中的通道及全通道算法
3·3·2 通道表征值PI
3·3·3 原子拓扑环境表征值AI
3·3·4 拓扑指数算法
3·3·5 惟一性验证
3·3·6 问题与讨论
参考文献
第四章 惟一性连接表及拓扑等价性算法
4·1 引言
4·2 Morgan算法及其改进方案
4·2·1 Morgan算法
4·2·2 方案的改进
4·3 ESESOC系统惟一性连接表方案
4·3·1 化合物结构图的拓扑描述
4·3·2 节点划分算法
4·3·3 排序算法
4·3·4 节点再划分问题
4·4 拓扑等价性问题
4·5 节点矩阵与拓扑等价性算法
4·5·1 节点矩阵和键矩阵
4·5·2 拓扑等价性算法
4·5·3 拓扑等价性算法的验证
4·6 全通道算法与拓扑等价性
4·6·1 节点的通道集
4·6·2 拓扑等价性算法
4·7 扩展连接矩阵算法与拓扑等性
4·8 全通道算法程序设计
参考文献
第五章 结构产生器
5·1 引言
5·2 结构基元和结构片断
5·2·1 结构基元
5·2·2 结构片断
5·3 从分子式到结构片断集
5·3·1 组合数学基础
5·3·2 结构基元向量的穷举生成
5·3·3 结构片断向量的穷举生成
5·4 整体结构穷举生成算法——子结构扩展法
5·4·1 基本算法
5·4·2 加入等价性分析算法以消除冗余对接
5·4·3 拓扑等价性分析中两个问题
5·4·4 结构生成的穷举性与非冗余性
5·5 整体结构穷举生成算法——连接矩阵填充法
5·5·1 键性连接矩阵
5·5·2 超结构的键性连接矩阵
5·5·3 结构对接
5·5·4 穷举性及非冗余性验证
5·5·5 ESESOC系统的结构产生器是高效的
参考文献
第六章 化合物结构表征和构效关系研究
6·1 前言
6·2 结构的矩阵表示和结构的输入
6·3 参数计算
6·3·1 拓扑类参数
6·3·2 电子类特征
6·3·3 物理化学类参数和几何类参数
6·4 变量的压缩和选择
6·4·1 变量的初选
6·4·2 变量的最优组合
6·5 变量的正交化
6·6 逆向QSAR/QSPR研究
6·6·1 前言
6·6·2 逆向QSAR/QSPR研究的主要步骤
6·6·3 逆向QSAR/QSPR研究的例子
6·6·4 高阶路径(3P)及边类型的约束
参考文献
第七章 分子的形状
7·1 前言
7·2 分子的van der Waals体积和表面积的计算——Bondi法
7·3 三维直角坐标系统中分子的体积和投影
7·3·3 几个问题的讨论
7·3·4 分子的投影
7·4 化合物形状比较法——Hopfinger法
7·4·1 方法
7·4·2 应用举例
7·5 分子表面相互作用能
7·5·1 分子表面相互作用原理
7·5·2 计算方法
7·5·3 分子表面相互作用参数
7·5·4 形状参数在QSPR中的应用
7·6 Kier形状指数
7·6·1 分子图的路径
7·6·2 一级形状属性
7·6·3 二级形状属性
7·6·4 三级形状属性
7·6·5 由0级路径衍生0级形状属性
7·6·6 mκ中的形状信息
7·6·7 多重键和杂原子编码
7·6·8 应用
7·7 分子形状轮廓——分子几何学法
7·7·1 形状不变量法
7·7·2 形状编码法
7·7·3 形状轮廓不变量法与编码法的比较
参考文献
第八章 分子相似度计算
8·1 前言
8·2 相似度系数
8·3 原子对法
8·3·1 原子对的定义
8·3·2 在相似度计算中的应用
8·3·3 拓扑扭角
8·3·4 原子对法的迸一步扩展
8·4 三维(3D)相似度计算
8·4·1 前言
8·4·2 原子三角法
8·4·3 广义扭角法
8·4·4 原子三角法和广义扭角法应用实例
8·4·5 建立在3D距离基础上的方法
8·5 图论指数法
8·5·1 前言
8·5·2 多拓扑指数法(Basak法)
8·5·3 单一拓扑指数法
8·6 结构谱法
8·6·1 化学环境编码
8·6·2 相似度计算
8·6·3 化合物相似度计算例子
8·7 相似度计算的量子化学法
8·7·1 量子化学计算中的数学表达式
8·7·2 高斯函数的应用
8·7·3 相似度计算
参考文献
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