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本书为《中国科学院研究生教学丛书》之一。
化学信息学(chemoinformatics)是化学领域中近几年发展起来的一个新的分支,是建立在多学科基础上的交叉学科,利用计算机技术和计算机网络技术,对化学信息进行表示、管理、分析、模拟和传播,以实现化学信息的提取、转化与共享,揭示化学信息的实质与内在联系,促进化学学科的知识创新。
全书介绍了计算机与计算机网络的一些基础知识及如何利用Internet上的化学资源,并对化学信息学在化学、生物化学领域中的应用进行了详细论述。
本书可供化学、化工、生物化学、药物化学及相关专业的广大科技工作者和高等院校师生参阅。
目录
- 第一章 计算机基础
1.1操作系统
1.1.1DOS
1.1.2UNIX
1.1.3Windows
1.2计算机语言与程序设计
1.2.1计算机语言
1.2.2Matlab语言简介
1.2.3程序设计
上机训练与习题
第二章 Internet与网络资源
2.1引言
2.2Internet基本概念
2.2.1计算机网络和TCP/IP协议
2.2.2Internet网际地址
2.2.3域名系统(DNS)
2.2.4连入Internet
2.3远程登录
2.4文件传输
2.4.1FTP的基本用法
2.4.2匿名FTP的使用
2.5电子邮件(e-mail)
2.5.1e-mail的构成
2.5.2e-mail的收发软件
2.5.3Eudora简介
2.6网络新闻与通信讨论组
2.6.1电子布告板系统(BBS)
2.6.2Usenet网络新闻
2.6.3通信讨论组
2.7Gopher与WWW服务
2.7.1Gopher服务
2.7.2WWW简介
2.7.3WWW浏览器
2.8Internet查询工具
2.8.1FTP服务器的查询——archie
2.8.2用户与计算机节点的查询
2.8.3WWW资源的查询
2.9服务器的建立与主页制作
2.9.1服务器的建立
2.9.2主页制作语言
上机训练与习题
第三章 Internet中的化学信息
3.1联机文献检索
3.1.1文献检索系统简介
3.1.2UnCover系统
3.1.3MEDLINE系统
3.1.4Web of Science系统
3.1.5中文检索系统
3.1.6光盘检索系统
3.2图书、杂志信息
3.2.1网上图书馆
3.2.2网上书店
3.2.3出版商主页
3.2.4网络杂志
3.3专利信息
3.4数据库资源
3.4.1综合性数据库
3.4.2化学信息数据库
3.4.3网上化学手册
3.5通信讨论组
3.6商业信息
3.7化学机构信息
3.8化学信息资源导航
上机训练与习题
第四章 化学信息的计算机管理与应用
4.1化学信息的计算机表示
4.1.1数字信息的计算机处理
4.1.2结构信息的计算机表示
4.1.3化学信息的可视化
4.2化学信息数据库
4.2.1数据库系统的构成
4.2.2数据模型和数据库的类型
4.2.3数据库的存取过程
4.2.4化学信息数据库
4.3化学人工智能与专家系统
4.3.1人工智能
4.3.2知识库
4.3.3推理方法
4.3.4专家系统
4.4计算机辅助结构解析
4.4.1结构解析系统的构成
4.4.2结构解析的工作过程
4.4.3结构解析中的有关技术
4.5计算机辅助合成设计
4.5.1计算机辅助有机合成
4.5.2计算机辅助分子设计
上机训练与习题
第五章 化学信息的计算机模拟
5.1NMR波谱模拟
5.1.1质子NMR谱的量子化学模拟
5.1.213C-NMR谱的计算机模拟
5.2分子模拟
5.2.1分子模拟的基本方法
5.2.2分子力学简介
5.2.3分子模拟应用举例
上机训练与习题
第六章 化学计量学方法
6.1引言
6.2化学因子分析
6.2.1数据矩阵的构成
6.2.2因子分析的基本步骤
6.2.3常见的因子分析方法
6.2.4主成分回归(PCR)
6.2.5偏最小二乘法(PLS)
6.3人工神经网络
6.3.1人工神经网络的基本特征
6.3.2人工神经网络的基本模型
6.3.3神经元的结构模型
6.3.4人工神经网络的学习算法
6.3.5人工神经网络的应用
6.4遗传算法
6.4.1自然进化与遗传算法
6.4.2遗传算法的基本过程
6.4.3遗传算法的程序实现
6.4.4遗传算法的发展
6.4.5遗传算法在化学中的应用
6.5模拟退火
6.5.1固体退火与模拟退火算法
6.5.2模拟退火算法的基本过程
6.5.3模拟退火算法的冷却进度表
6.5.4模拟退火算法的特点与改进
6.5.5模拟退火算法的应用
6.6免疫算法
6.6.1免疫算法的原理
6.6.2一种用于重叠信号解析的免疫算法
6.7小波分析
6.7.1傅里叶变换
6.7.2小波及小波变换
6.7.3多尺度信号分解
6.7.4小波分析的应用
上机训练与习题
主要参考文献