本书汇集了下一代测序技术出现以来,不同技术方法数据的处理流程,涉及的算法、软件,评议其适用性和优缺点,为读者提供了非常实用的操作性极强的数据处理范例。而且,本书的数据处理方法非常全面,囊括了下一代测序技术所影响的全部研究方法。
样章试读
目录
《新生物学丛书》丛书序
译者前言
前言
1 DNA测序简介 Stuart M. Brown 1
2测序信息学的历史 Stuart M. Brown 21
3 第二代测序数据的可视化
Phillip Ross Smith,Kranti Konganti和 Stuart M. Brown 34
4 DNA序列比对 Efstratios Efstathiadis 48
5 用广义 de Bruijn有向图算法组装基因组 D. Frank Hsu 62
6 用短序列读段从头组装细菌基因组 Silvia Argimon和 Stuart M. Brown 73
7 基因组注释 Steven Shen 84
8 使用第二代测序技术检测序列变异
Jinhua Wang,Zuojian Tang和 Stuart M. Brown 96
ChIP-seq
9
Zuojian Tang,Christina Schweikert,D. Frank Hsu和 Stuart M. Brown 104
10 使用第二代测序进行 RNA测序
Stuart M. Brown,Jeremy Goecks和 James Taylor 129
11元基因组学 Alexander Alekseyenko和 Stuart M. Brown 143
12 DNA测序信息学中的高性能计算 Efstratios Efstathiadis和 Eric R. Peskin 149
术语表 165
索引 174
彩图]]>