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代谢途径设计：实验指南


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代谢途径设计：实验指南
  • 书号：9787030779373
    作者：王勇
  • 外文书名：
  • 装帧：平装
    开本：B5
  • 页数：149
    字数：206000
    语种：zh-Hans
  • 出版社：科学出版社
    出版时间：2024-02-01
  • 所属分类：
  • 定价： ￥128.00元
    售价： ￥101.12元
  • 图书介质:
    纸质书

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本书共分为三篇，围绕代谢途径建模、代谢途径开发、代谢途径设计展开，主要内容涉及如何用工程生物学的思路，在底盘细胞中对代谢途径进行挖掘和设计。附录部分还提供了生物设计工具箱，方便读者使用。与偏重生物化学途径的介绍类书籍不同，本书的工程生物学特色鲜明，较为系统地介绍了数学模型、计算机工具在代谢途径设计中的应用。
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    Ⅰ 代谢途径建模
    1 走上工程生物学之路 3
    1.1 用于工业生物制造的合成生物学平台 3
    1.2 设计-构建-测试-学习的自动化循环 4
    1.3 工业生物过程的放大与缩小 6
    1.4 灵活的自动化生物设计、云实验室和人工智能 6
    1.5 生物铸造的代谢途径设计 7
    参考文献 8
    2 基因组规模建模 11
    2.1 系统生物学模型 11
    2.2 从组学到大数据的模型重建 12
    2.3 基于约束方法的模型仿真 15
    2.4 流量分析的高级应用 20
    2.5 问题 21
    参考文献 23
    3 途径建模 25
    3.1 途径稳态和动力学 25
    3.2 质量作用定律 27
    3.3 酶动力学建模 28
    3.4 转录和翻译控制建模 32
    3.5 途径动力学建模 36
    3.6 问题 38
    参考文献 38
    4 化学多样性建模 40
    4.1 理解酶创新的机制 40
    4.2 基于信息编码化学反应 41
    4.3 酶杂泛性建模 46
    4.4 计算化学多样性 49
    4.5 问题 51
    参考文献 52
    Ⅱ 代谢途径开发
    5 酶的发现和选择 57
    5.1 通过序列同源性发现酶 57
    5.2 通过反应同源性发现酶 61
    5.3 可扩展的代谢空间中的酶发现 66
    5.4 问题 71
    参考文献 73
    6 途径发现 75
    6.1 定义化学目标 75
    6.2 代谢范围的逆合成分析 80
    6.3 问题 86
    参考文献 86
    7 途径选择 88
    7.1 途径计数 88
    7.2 途径排序 95
    7.3 问题 99
    参考文献 100
    Ⅲ 代谢途径设计
    8 途径设计 105
    8.1 选择途径中的功能基因 105
    8.2 转录和翻译调控 108
    8.3 组合设计 109
    8.4 实验设计 110
    8.5 途径标准化 113
    8.6 问题 117
    参考文献 118
    9 途径的再设计 120
    9.1 基于模型的培养基和底盘的再设计 120
    9.2 计算机辅助的酶的再设计 125
    9.3 学习阶段实验的再设计 130
    9.4 基于机器学习的途径的再设计 136
    9.5 问题 143
    参考文献 144
    附录A 生物设计工具箱 146
    索引 148
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