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生物信息学最佳实践


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生物信息学最佳实践
  • 书号：9787030475619
    作者：冉隆科
  • 外文书名：
  • 装帧：平装
    开本：B5
  • 页数：140
    字数：200
    语种：zh-Hans
  • 出版社：
    出版时间：2016-08-08
  • 所属分类：
  • 定价： ￥48.00元
    售价： ￥37.92元
  • 图书介质:
    纸质书

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本书共六章，第一章介绍生物信息学使用环境搭建，主要介绍Linux的发行版、安装、基本配置及远程访问工具；第二章介绍生物信息学分析中主要用到的基本Linux命令，并使用生物信息数据进行实例操作；第三章介绍生物信息学的基本序列比对，包括BLAST比对、BLAT比对及Clustal W多序列比对等；第四章和第五章介绍目前生物信息学研究领域的热点——高通量数据分析方法，包括基因芯片分析和RNA-seq分析；第六章介绍蛋白质结构预测的基本方法。全书内容介绍由浅入深，重视对生物信息学实践能力的培养，通过生物信息学工具和方法来分析具体的生物信息学数据，从而使读者逐步打开生物信息学的大门。
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    第一章生物信息学使用环境搭建1
    第一节Linux系统简介1
    一、免费获取1
    二、跨平台的硬件支持1
    三、丰富的软件支持1
    四、多用户多任务2
    五、可靠的安全性2
    六、良好的稳定性2
    七、完善的网络功能2
    第二节Linux操作系统安装及基本配置3
    一、Linux发行版介绍3
    二、Linux操作系统的安装5
    三、WindowsXP系统与Fedora18共存12
    四、Linux下的远程访问配置14
    五、远程访问工具使用15
    六、Cygwin工具的使用20
    七、WinSCP25
    八、使用SCP终端命令在Windows和Linux之间传输文件27
    第二章Linux与生物信息学29
    第一节Linux文件系统介绍29
    第二节Linux基本命令介绍30
    一、绝对基本命令30
    二、文件和目录操作命令32
    第三节Linux环境下Vi编辑器的使用51
    一、启动Vi编辑器51
    二、几种模式切换51
    三、编辑相关命令51
    四、查找和替换命令53
    第四节Shell编程基础55
    第三章基因序列比对57
    第一节BLAST比对57
    一、BLAST介绍57
    二、BLAST程序介绍57
    三、BLAST程序安装58
    第二节BLAT比对65
    一、BLAT介绍65
    二、下载BLAT65
    三、编译安装BLAT65
    四、运行BLAT66
    五、BLAT运行实例66
    六、在线运行BLAT67
    第三节ClustalW多序列比对67
    一、简介67
    二、下载ClustalW68
    三、安装ClustalW68
    四、运行ClustalW程序68
    五、命令方式运行ClustalW69
    六、在线方式运行ClustalW72
    第四章基因芯片分析74
    第一节引言74
    第二节DNA微阵列分析74
    一、DNA微阵列实验介绍75
    二、解释微阵列数据77
    三、对微阵列数据进行处理77
    四、对微阵列数据进行相似性分析79
    五、对DNA微阵列数据进行聚类分析81
    六、自组织映射82
    七、对DNA微阵列数据进行差异表达分析83
    八、DNA微阵列数据分析相关工具88
    第五章RNA-seq分析91
    第一节引言91
    第二节分析流程91
    一、数据准备92
    二、软件准备92
    三、RNA-seq分析过程93
    第六章蛋白质结构预测108
    第一节概论108
    第二节从头预测法110
    第三节反向折叠方法112
    一、折叠数据库的准备112
    二、建立合适的势函数112
    三、折叠模式的确定113
    四、蛋白最终模型的建立113
    第四节同源建模113
    一、同源参考蛋白的搜索114
    二、结构保守区域的确定115
    三、序列比对115
    四、模型搭建115
    五、模型的优化与评估117
    六、同源建模的应用和展望118
    第五节蛋白结构预测中常用的网站127
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