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本草基因组学作为中草药研究的热点领域，在中药现代化发展中发挥着重要作用。本书作者长期工作在本草基因组学研究一线，结合各自研究工作介绍了本草基因组学的主要研究内容及其应用。本书第一章至第八章为基础篇，包括概述、结构基因组学、转录组学、功能基因组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学和宏基因组学等；第九章至第十五章为应用篇，包括药用模式生物、中药合成生物学、基因组辅助育种、 DNA鉴定、中药体内代谢基因组研究、关键实验技术和生物信息学及数据库等。

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• 目录
  基础篇
  第一章概述3
  第一节本草基因组学的产生和发展3
  第二节本草基因组学研究内容8
  第三节本草基因组学的实践应用12
  参考文献14
  第二章结构基因组学17
  第一节中草药核基因组研究18
  第二节中草药叶绿体基因组研究40
  第三节中草药线粒体基因组研究51
  参考文献64
  第三章转录组学67
  第一节根及根茎类中草药转录组69
  第二节皮类中草药转录组78
  第三节叶及花果类中草药转录组82
  第四节全草类中草药转录组86
  第五节真菌类中草药转录组91
  参考文献95
  第四章功能基因组学——天然产物生物合成途径解析100
  第一节天然产物生物合成途径解析策略101
  第二节萜类生物合成途径解析104
  第三节生物碱类合成途径解析110
  第四节黄酮类生物合成途径解析116
  参考文献118
  第五章蛋白质组学123
  第一节中草药蛋白质组研究124
  第二节中药作用靶点的蛋白质组研究128
  参考文献132
  第六章代谢组学135
  第一节代谢组学研究方法136
  第二节中草药鉴别和质量控制的代谢组学研究139
  第三节中草药有效成分合成的代谢组学研究144
  第四节中草药抗逆代谢组学研究147
  参考文献148
  第七章表观基因组学151
  第一节中草药非编码RNA152
  第二节中草药DNA甲基化与RNA编辑157
  参考文献162
  第八章宏基因组学165
  第一节宏基因组学研究策略与应用前景166
  第二节中草药土壤宏基因组168
  第三节中草药内生菌宏基因组177
  参考文献179
  应用篇
  第九章药用模式生物研究185
  第一节药用模式生物研究概述186
  第二节药用模式真菌——灵芝191
  第三节药用模式植物——丹参196
  第四节其他相关模式生物202
  参考文献204
  第十章中药合成生物学研究208
  第一节中药合成生物学体系优化策略208
  第二节萜类合成生物学研究213
  第三节生物碱合成生物学研究217
  第四节黄酮合成生物学研究221
  参考文献223
  第十一章基因组辅助育种研究229
  第一节基因组辅助优质高产中草药的选育230
  第二节基因组辅助中草药抗逆育种234
  参考文献237
  第十二章DNA鉴定研究239
  第一节中药DNA条形码鉴定241
  第二节叶绿体全基因组超级条形码257
  第三节基于分子杂交等技术的中药鉴定261
  参考文献268
  第十三章中药体内代谢基因组研究270
  第一节中药基因组研究272
  第二节肠道宏基因组研究275
  参考文献278
  第十四章关键实验技术281
  第一节中草药基因组关键技术283
  第二节中药基因功能研究关键技术290
  第三节蛋白质组学关键技术295
  第四节代谢组学关键技术298
  第五节合成生物学关键技术300
  参考文献303
  第十五章生物信息学及数据库305
  第一节生物信息学分析方法306
  第二节基因组相关数据库309
  参考文献313
  索引315