《猪重要性状的组学遗传基础与改良》围绕猪遗传育种研究，主要包括概述、猪基因组遗传评估与基因挖掘、猪功能基因组研究进展、猪重要性状的遗传基础和猪遗传改良的研究进展与展望五大部分。其主旨是，集中展示我国学者在猪重要性状遗传基础研究方面的成果，同时系统总结国内外猪多组学研究的最新进展。
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第一篇 概述
第一章 家猪起源和重要性状的遗传改良 3
第一节 家猪 3
第二节 性状及其分类 7
参考文献 11
第二章 猪组学数据的解析与应用 13
第一节 组学数据的范畴 13
第二节 组学数据分析的基本方法 17
第三节 组学数据分析的新技术 22
第四节 猪重要经济性状组学分析案例 26
参考文献 30
第二篇 猪基因组遗传评估与基因挖掘
第三章 基因组选择育种统计模型研究进展 35
第一节 基因组选择概念的提出 35
第二节 最佳线性无偏预测法估计育种值 36
第三节 个体亲缘关系矩阵的构建 37
第四节 方差组分估计 40
第五节 基因组选择GBLUP的改进模型 42
第六节 基因组选择软件HIBLUP的安装及使用 44
参考文献 50
第四章 基因组选择育种模型的评估及影响因素 52
第一节 基因组选择育种模型的评估 52
第二节 基因组选择育种模型的影响因素 58
参考文献 63
第五章 猪高效基因组育种技术的创制与应用 65
第一节 生产性能测定和样品采集 65
第二节 核酸提取和基因分型 72
第三节 估计基因组育种值和计算选择指数 73
参考文献 75
第六章 全基因组关联分析统计模型的研究进展 77
第一节 全基因组关联分析的简介 77
第二节 全基因组关联分析中的数据 78
第三节 全基因组关联分析的流程和模型发展 82
第四节 全基因组关联分析软件rMVP的安装使用 84
参考文献 98
第七章 猪基因组育种模拟及规划 100
第一节 育种模拟及规划的进展 100
第二节 育种模拟及规划的原理 102
第三节 育种模拟及规划软件SIMER的安装使用 110
参考文献 129
第八章 猪整合组学基因评分推荐体系构建 131
第一节 猪多组学整合现状 131
第二节 猪整合组学基因评分推荐体系的设计与构建 133
第三节 猪整合组学知识库ISwine的使用 143
参考文献 151
第三篇 猪功能基因组研究进展
第九章 猪的调控元件和三维基因组学研究进展 155
第一节 DNA调控元件 155
第二节 多层次的基因组 158
第三节 猪基因组功能调控元件注释与三维基因组学研究 163
参考文献 164
第十章 猪表观基因组学研究进展 168
第一节 表观遗传学相关概念、基本特征及研究内容 168
第二节 表观遗传产生的分子遗传机制 174
第三节 猪重要性状表观遗传机制的研究进展 180
参考文献 191
第十一章 猪转录组学研究进展 196
第一节 猪mRNA-seq研究进展 196
第二节 猪miRNA组学研究进展 200
第三节 猪lncRNA组学研究进展 203
第四节 猪circRNA组学研究进展 207
第五节 猪全转录分析研究进展 209
参考文献 211
第十二章 猪蛋白质组学研究进展 216
第一节 猪蛋白质组学的概述 216
第二节 蛋白质组学在猪相关疾病中的研究进展 218
第三节 蛋白质组学在猪营养调控中的研究进展 220
第四节 蛋白质组学在猪生长发育中的研究进展 221
第五节 蛋白质组学在猪肉品质中的研究进展 221
第六节 蛋白质组学与猪繁殖性状 222
第七节 蛋白质组学在猪疾病模型中的研究进展 224
第八节 蛋白质组学技术在猪中的应用展望 225
参考文献 226
第十三章 猪胚胎工程与基因修饰育种新技术 229
第一节 胚胎工程育种技术 229
第二节 转基因育种与转基因克隆动物技术 233
第三节 干细胞育种 241
参考文献 244
第四篇 猪重要性状的遗传基础
第十四章 猪生长速度与饲料效率的遗传改良 251
第一节 猪生长速度与饲料效率的度量及其遗传特性 251
第二节 猪生长速度与饲料效率的遗传基础研究 254
第三节 猪生长性状的遗传改良 256
参考文献 261
第十五章 猪胴体性状的遗传基础及改良 265
第一节 猪胴体性状的遗传特性 265
第二节 猪胴体性状的遗传基础研究 268
第三节 猪肌肉生长速度与胴体组成性状的遗传改良 270
第四节 猪背膘厚、眼肌面积与瘦肉率的遗传改良 273
第五节 上市肉猪的胴体评估与分级及其在推动生猪改良中的意义 277
参考文献 278
第十六章 猪繁殖性状的遗传基础及改良 282
第一节 猪繁殖性状的基本特征 282
第二节 公猪繁殖性状的遗传基础研究 284
第三节 母猪繁殖性状的遗传基础研究 290
第四节 猪繁殖性状的遗传改良 293
参考文献 297
第十七章 猪的遗传缺陷与改良 302
第一节 猪遗传缺陷的定义 302
第二节 猪主要遗传缺陷及其危害 303
第三节 猪遗传缺陷的遗传方式 312
第四节 猪遗传缺陷相关候选基因的鉴定 315
参考文献 320
第十八章 猪抗病抗逆与免疫性状的遗传基础与改良 327
第一节 猪抗病力的概念与度量 327
第二节 免疫性状 335
第三节 猪主要组织相容性复合体 339
第四节 猪抗病抗逆与免疫性状的遗传改良 342
参考文献 356
第十九章 猪肉质性状的遗传基础及改良 360
第一节 猪肉质的组分性状及其度量 360
第二节 猪应激综合征与异常肉质 366
第三节 猪肉质性状的遗传基础研究 371
第四节 猪肉质性状的遗传改良 377
参考文献 381
第二十章 猪的行为性状及其遗传 384
第一节 猪的行为性状 384
第二节 行为遗传学 392
第三节 猪遗传改良中行为性状及异常行为的改良 407
参考文献 408
第五篇 猪遗传改良的研究进展与展望
第二十一章 猪基因组组装研究进展 417
第一节 猪基因组计划研究进展与组织 417
第二节 猪基因组作图 419
第三节 猪基因组序列注释新进展 426
参考文献 429
第二十二章 基因组选择在猪杂交生产中的应用 432
第一节 杂交猪的基因型填充技术 432
第二节 最大化纯种猪的杂交效果表现 436
第三节 非加性遗传效应在杂种生产中的应用 444
参考文献 447
第二十三章 选择信号检测方法及其统计学问题 452
第一节 人工选择作用下的基因组印记 452
第二节 选择信号的类别 453
第三节 选择信号检验统计量 454
第四节 选择信号的基因组数据模拟软件与统计检验 459
第五节 畜禽基因组选择信号的可靠性验证 461
第六节 畜禽选择信号检测的影响因素与统计学问题 463
第七节 机器学习在选择信号上的应用 464
第八节 展望 465
参考文献 466
第二十四章 基因组编辑技术在猪育种中的研究进展 470
第一节 基因编辑技术 470
第二节 CRISPR/Cas9技术应用与编辑效率评估 473
第三节 基于CRISPR系统的功能基因组学研究 478
第四节 基因组编辑分子育种技术 485
参考文献 489
第二十五章 猪作为医学动物模型的研究进展 495
第一节 用于人类医学研究的小型猪品种及特点 496
第二节 猪作为人类神经系统疾病模型的研究进展 500
第三节 猪作为人类心血管疾病模型的研究进展 502
第四节 猪作为人类2型糖尿病模型的研究进展 504
第五节 猪作为人类其他疾病模型的研究进展 511
参考文献 515
第二十六章 猪种质特色基因发掘与中国地方猪种资源保护利用 519
第一节 猪种质特色基因的发掘 519
第二节 我国地方猪种资源概况 522
第三节 中国地方猪遗传资源的开发利用现状 526
参考文献 530
第二十七章 猪的福利与育种 534
第一节 动物福利的概念与猪福利涵盖的内容 534
第二节 对动物福利的科学评价 535
第三节 国外关于动物福利的立法与标准 540
第四节 福利与动物健康和性能表现 542
第五节 猪的福利与育种目标、选种措施 545
参考文献 546
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