本书是一本实验室数学指南,广泛介绍了遗传工程实验过程中所遇到的计算问题。本书主要适用于学生、技术人员和科研人员,为读者提供了具体的计算实例,这些实例多是在基因发现和分析过程中经常遇到的计算问题。全书所采用的计算实例的介绍形式,简单易懂,便于读者掌握。本书是从事DNA操作和分析人员不可或缺的完美的实验伙伴。
对基础研究实验过程中遇到的各种各样的计算问题给予了广泛的指导。
以一种贯穿实验始终的计算实例的形式介绍各种计算方法,非常浅显易懂。
重要的章节具体介绍了与细菌、噬菌体、PCR、放谢性同位素、重组DNA、离心、寡核苷酸、蛋白质和法医学相关的实验工作中所遇到的计算问题。
本书读者对象主要是生物学相关专业的学生和实验技术人员,亦可作为经验丰富的科研人员的参考。
样章试读
目录
- 前言
第1章 科学计数法和公制前缀
简介
有效数字
计算中有效数字的舍入
指数和科学计数法
科学计数法计数
科学计数法与十进制计数法之间的转换
科学计数法中加减法的表达
科学计数法中乘除法的表达
公制前缀
计量单位转换因子和因次分析
第2章 溶液、混合液和培养基
简介
稀释计算:常规方法
浓缩
配制百分比浓度溶液
百分比浓度溶液的稀释方法
摩尔和分子量的概念
摩尔浓度
摩尔浓度溶液的稀释方法
摩尔浓度转换为百分比浓度
百分比浓度转换为摩尔浓度
当量
pH
pKa 和汉哈氏方程
第3章 细胞生长
细菌生长曲线
举例/例题
控制细胞浓度
在直角坐标系中绘制OD550 随时间变化的曲线
在直角坐标系中绘制OD550 的对数值随时间变化的曲线
对数值的确定
样品的OD550 转换为对数值
OD550 的对数值随时间的变化
绘制细胞浓度的对数随时间变化的曲线
对数值的确定
计算世代时间
斜率和细胞生长常数
世代时间
在半对数坐标系中表示细胞生长
绘制OD550 随时间变化的半对数曲线
根据OD550 随时间变化的半对数曲线估算世代时间
绘制细胞浓度随时间变化的半对数曲线
根据细胞浓度随时间变化的半对数曲线直接估算世代时间
绘制细胞密度与OD550 的半对数曲线
波动试验
波动试验实例
方差
突变率的计算
泊松分布
用泊松分布计算突变率
根据波动试验数据采用绘图法计算突变率
采用涂板法确定突变率
血球记数法测定细胞浓度
第4章 噬菌体
简介
感染复制数
概率和感染复制数
噬菌体效价的测定
噬菌体的稀释
裂解量的测定
第5章 核酸定量
紫外分光光度法测定核酸含量
测定双链DNA 的浓度
运用吸光度和消光系数计算双链DNA 的浓度
采用毫摩尔(mM)为单位计算DNA 浓度
单链DNA 分子浓度的计算
采用μg/mL 为单位表示单链DNA 分子的浓度
采用pmol/μL 为单位表示大分子量的单链DNA 分子的浓度
采用mM 为单位表示小分子量的DNA 分子(ssDNA)浓度
寡核苷酸定量
OD 单位
采用μg/mL 为单位表示寡核苷酸的浓度
采用pmol/μL 为单位表示寡核苷酸的浓度
RNA 浓度的测定
分子量、摩尔浓度和核酸片段的长度
采用琼脂糖凝胶电泳法(EB 染色)测定DNA 浓度
第6章 用放射性同位素标记核酸
简介
运用放射能:居里
估算质粒的拷贝数
用缺口平移(Nick translation)法标记DNA
缺口平移法检测放射性标记率
缺口平移法产物的比放射性计算
用随机引物标记DNA
随机引物标记标记率
随机引物标记计算理论产量
随机引物标记计算实际产量
随机引物标记计算产物的比活性
用末端转移酶标记3′末端
用末端转移酶标记3′末端标记率
用末端转移酶标记3′末端计算产物的比活性
cDNA 文库的合成
第一链cDNA 文库的构建
第二链cDNA 文库的构建
同聚物加尾(反应)
体外转录
第7章 寡核苷酸合成
简介
合成产量
用DM T Cation Assay 方法估算阶段产量和总产量
总产量的计算
阶段产量的计算
每一步反应中碱基所增加的核苷的微摩尔量的计算
第8章 聚合酶链式反应(PCR)
简介
模板与扩增
指数扩增
PCR 扩增效率
计算靶序列Tm 值
扩增引物
扩增引物Tm 值
根据盐浓度、G/C 含量和DNA 长度计算Tm 值
根据邻近相互作用计算Tm 值
脱氧核糖核苷酸
DNA 聚合酶
DNA 聚合酶错误率
定量PCR
第9章 DNA 重组
简介
限制性核酸内切酶
限制性核算内切酶的切点频率
计算酶切片段末端量
多酶切的片段末端量
连接
用λ 衍生载体连接
重组λ 基因组的组装
用质粒载体连接
转化效率
基因组文库:你需要多少克隆?
cDNA 文库:多少克隆足以构成文库?
表达文库
用DNA 探针筛选重组文库
寡核苷酸探针
杂交所需条件
用双链DNA 探针杂交
凝胶电泳法测定DNA 片段的大小
用BAL 31 核酸酶嵌套切除
第10章 蛋白质
简介
用280 nm 吸收值测定蛋白质含量
用吸收系数和消光系数估算蛋白质浓度
吸收系数与摩尔消光系数之间的联系
蛋白质消光系数的计算
mg/ml 浓度与摩尔浓度之间的联系
用280 nm 吸收值测定有DNA 污染的蛋白质浓度
用205 nm 吸收值测定蛋白质浓度
用205 nm 吸收值测定有DNA 污染的蛋白质浓度
用比色法测定蛋白质浓度- Bradford 分析
β-半乳糖苷酶应用于启动子活性与基因表达
培养细胞中β-半乳糖苷酶活性的测定
比活性
分析纯化提取物中的β-半乳糖苷酶活性
CAT 分析
计算CAT 分子数
报告分析中使用荧光素酶
体外翻译氨基酸整合率的测定
第11章 离心
简介
相对离心力( g)
g 与rpm 的转换
用列线图(Nomogram)计算g 和rpm
计算沉降时间
第12章 法医学
简介
等位基因与基因型
计算基因型频率
计算等位基因频率
Hardy-Weinberg 方程与期望基因型频率的计算
卡方检验(χ2 检验):观测值与期望值的比较
样本方差
样本标准差
Pi:包含力
Pd:分辩力
DNA 分型与加权平均法
乘法法则
索引