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本书是《21世纪生物技术系列》的一个分册，书中全面介绍了现有生物信息数据库、网络构建、基因表达谱分析、LncRNA数据生物信息学分析、miRNA相关研究、DNA甲基化检测、生物信息学预测蛋白质相互作用，以及利用生物信息学设计PCR引物和探针等。本书图文并茂，既有一定的理论基础，又有很强的实用性，同时总结了编者多年来的实验经验。

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  第一章 生物信息数据库 (1)
  第一节 核酸序列数据库 (1)
  第二节 蛋白质序列数据库 (9)
  第三节 基因组数据库 (16)
  第四节 结构数据库 (18)
  第五节 项数据库 (23)
  第二章 网络构建 (31)
  第一节 Cytoscape简介 (31)
  第二节 Cytoscape的安装 (32)
  第三节 创建网络 (35)
  第四节 Cytoscape插件的应用 (39)
  第五节 可视化工具GeneMANIA (49)
  第三章 幼年与老年快速老化小鼠海马中差异表达基因谱分析 (52)
  第四章 成年与老年快速老化小鼠海马中差异表达基因谱分析 (73)
  第五章 miRNA相关研究 (90)
  第一节 miRNA简介及miRNA检测 (90)
  第二节 miRNA靶基因预测 (91)
  第三节 基于生物信息学的miRNA靶基因功能分析 (95)
  第六章 大鼠脊髓蛋白组生物信息学分析 (98)
  第七章 LncRNA数据生物信息学分析 (111)
  第一节 LncRNA的定义及来源 (111)
  第二节 LncRNA相关信息查找 (112)
  第三节 大鼠LncRNA全序列查找 (117)
  第八章 DNA甲基化检测 (121)
  第一节 DNA甲基化概述 (121)
  第二节 DNA甲基化的预测 (125)
  第三节 MeDIP-PCR检测eif5a基因在脊髓损伤大鼠腓肠肌的DNA甲基化改变 (127)
  第九章 如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs (133)
  第一节 用TargetScan预测调控BDNF mRNA的miRNAs (133)
  第二节 用miRanda预测调控BDNF mRNA的miRNAs (135)
  第三节 用miRDB预测调控BDNF mRNA的miRNAs (136)
  第四节 用miRwalk预测调控BDNF mRNA的miRNAs (138)
  第五节 根据需要建立各网站预测结果交集 (139)
  第六节 预测中需要注意的问题 (141)
  第十章 染色质免疫共沉淀技术 (142)
  第一节 ChIP技术现状背景及实验原理 (142)
  第二节 ChIP实验后续技术 (146)
  第十一章 生物信息学预测蛋白质相互作用 (159)
  第一节 常用的蛋白质相互作用及信号传导相关数据库 (160)
  第二节 常用的蛋白质相互作用可视化工具 (167)
  第三节 常用的蛋白质序列数据库 (169)
  第四节 蛋白质功能、结构域和蛋白质家族有关的数据库 (171)
  第十二章 利用生物信息学设计PCR引物及探针 (175)
  第一节 聚合酶链反应和荧光定量聚合酶链反应的原理与方法 (175)
  第二节 引物探针设计的生物信息学 (178)