本书由二十余所高校联合编写而成,系统全面地介绍生物信息学的基本概念与内容。全书共14 章,内容涵盖分子生物学数据库、序列结构与功能分析、基因表达与非编码RNA 转录分析、蛋白质结构与功能、系统生物学、合成生物学,以及计算生物学等生物信息学中的重点问题。书中配有大量的二维码及部分视频资源,方便读者利用移动设备进行查询与学习。
样章试读
目录
- 目录
序
第三版前言
第一版前言
第一章生物信息学的概念及发展历史1
第一节生物信息学的发展历史1
第二节生物信息学的研究领域5
第二节生物信息学的主要应用6
第四节生物信息学面临的挑战9
思考题10
参考文献10
第二章生物学戴帽库及真检索11
第一节生物学数据库简介11
第二节生物学数据库的数据存储格式19
第二节生物学数据库的检索29
思考题39
参考文献39
第三章序列比对原理40
第一节序列比对相关概念40
第二节序列比对打分方法43
第三节序列比对算法49
第四节序列比对工具52
第五节多序列比对55
思考题58
参考文献59
第四章蛋白质结构预测与分析60
第一节蛋白质结构组织层次60
第二节蛋白质结构的测定与理论预测65
第三节蛋白质对接79
第四节蛋白质折叠与疾病80
思考题81
参考文献84
第五章真核生物基因组的注释85
第一节蛋白质编码基因的注释85
第二节RNA基困的注释90
第二节重复序列的注释91
第四节假基因的注释92
第五节案例分析=黄瓜基因组的注释93
思考题100
参考文献101
第六章转录组学102
第一节转录组学概述102
第二节试验设计和测序流程105
第三节转录组数据核心分析107
第四节功能分析112
第五节RNA-seq数据分析案例122
思考题129
参考文献129
第七章非编码RNA134
第一节非编码RNA概述134
第二节非编码RNA的分类138
第三节microRNA140
第四节circRNA147
第五节其他小分子RNA150
思考题154
参考文献154
第八章蛋白质组学156
第一节蛋白质组学概述156
第三节蛋白质的大规模分离鉴定技术160
第三节蛋白质的翻译后修饰165
第四节蛋白质分选166
第五节蛋白质相互作用168
思考题174
参考文献174
第九章系统生物学175
第一节系统生物学基本概念175
第二节系统生物学基本技术与方法179
第三节基因表达调控网络182
第四节代谢网络185
第五节信号转导途径188
第六节蛋白质蛋白质相互作用网络195
第七节虚拟细胞205
第八节生物学网络的构建、分析与可视化205
思考题209
参考文献210
第十章合成生物学213
第一节合成生物学概述213
第二节合成生物学基础研究经典实例216
第兰节合成生物学应用研究经典实例222
思考题225
参考文献225
第十-章分子进化与系统发育227
第一节分子进化与系统发育227
第二节分子系统发育树的构建方法232
第三节系统发育树构建及应用243
思考题254
参考文献255
第十二章统计学习与推理258
第一节统计学习与推理基础258
第二节统计模型与参数推断262
第三节聚类分析、主戚分分析与Fisl阳判别265
第四节贝叶斯推理270
第五节隐马尔可夫模型272
第六节动态神经网络279
第七节支持向量机282
第八节MATL娼的应用实例287
思考题290
参考文献291
第十三章生物信息学编程基础292
第一节Linux操作系统292
第二节生物信息学中的编程语言297
第三节SQL及数据库编程312
第四节并行计算321
思考题327
参考文献327
第十四章新一代测序技术及其应用329
第一节测序技术概述329
第二节第二代测序原理330
第三节第二代测序技术的应用336
第四节生物信息学在第二代测序中的应用338
第五节生物信息学新技术与发展趋势343
思考题348
参考文献348