本书是美国冷泉港实验室出版社出版的《真核生物转录调控——概念、策略与技术》（第二版）一书的中译本。书中全面介绍了真核基因转录调控的概念，以及进行研究所使用的策略和技术。涉及内容包括哺乳动物细胞转录调控入门知识、基因转录调控的两个重要角色——DNA元件和蛋白质组分的鉴定及功能表征，以及两者间复杂的相互作用构成的基因转录调控的重要事件和这些事件发生的染色质环境。 本书概括了真核基因转录调控的基本概念、实施转录调控研究的基本策略，以及实现研究目标的重要技术。因此，本书对于医学、生物化学、分子生物学、生物技术等领域中对基因转录调控感兴趣或从事相关研究的学生、教学科研人员和技术人员是一本重要读物。
样章试读
目录
前言
概述
缩略词
1 哺乳动物细胞转录调控入门
引言和概述
全基因组方法小结
染色质和通用转录机器
染色质结构和组织
染色质修饰
染色质重塑
通用转录机器
调控区的组织
基础转录复合物的组装和起始
调解因子
TFIID和TAF
活化和抑制
基因活化
转录起始期间的染色质修饰和重塑
通用机器募集的一种模式
聚合酶II延伸的初始阶段
聚合酶II在基因内遭遇核小体
转录的沉默或抑制
结语
参考文献
2 初始策略性问题
引言和概述
实验策略
新转录因子的表征方法
分析新基因的调控
专题2.1 核连缀转录分析
考虑达到明确目标所需的时间投入和资源
确定项目目标
评估分析的可行性
启动对新基因的综合转录调控分析
技术
方案2.1 核连缀分析
参考文献
3 转录起始位点的定位
引言和概述
实验策略
初步考虑
快速扩增cDNA末端(RACE)
专题3.1 帽子依赖性RACE程序
引物延伸
专题3.2 引物延伸
RNase保护法
专题3.3 RNase保护
S1核酸酶分析
专题3.4 核酸酶保护
专题3.5 核酸酶保护
技术
方案3.1 引物延伸分析
方案3.2 RNase保护分析
参考文献
4 启动子分析的功能性分析方法
引言和概述
实验策略
选择分析方法:各种分析方法的优缺点
瞬时转染分析
专题4.1 常用的转染方法
专题4.2 萤光素酶报告基因分析
专题4.3 CAT报告基因分析
专题4.4 LacZ、SEAP和GFP报告基因分析法
专题4.5 瞬时转染细胞的分离
通过染色体整合的稳定转染分析
专题4.6 有复制能力的载体
技术
哺乳动物细胞的常用转染方法
方案4.1 3T3成纤维细胞的磷酸钙转染
方案4.2 淋巴细胞系的DEAE-葡聚糖转染
方案4.3 RAW264.7巨噬细胞的电穿孔转染
方案4.1~4.3的附加说明
方案4.4 萤光素酶分析
方案4.5 氯霉素乙酰转移酶分析
方案4.6 β-半乳糖苷酶分析
参考文献
5 远程控制区的鉴定和分析
引言和概述
专题5.1 DNase I高敏感性分析
实验策略
DNase I高敏感性
基质附着区的鉴定
专题5.2 鉴定MAR的方法
鉴定远程控制区的功能性方法
表征远程控制区的功能性分析方法
参考文献
6 鉴定控制区内的顺式作用DNA元件
引言和概述
实验策略
通过综合性突变体分析鉴定控制元件
综合性分析的策略
来自综合性突变体分析与系统发生分析比较的深刻见解
参考文献
7 鉴定DNA结合蛋白及其基因
引言和概述
鉴定DNA结合蛋白的实验策略
数据库方法
用于粗制细胞裂解物的蛋白质-DNA相互作用分析方法的发展
专题7.1 假设EMSA结果
克隆和鉴定编码DNA结合蛋白基因的实验策略
专题7.2 通过蛋白质纯化克隆
通过蛋白质纯化和肽序列分析进行克隆
其他克隆方法
参考文献
8 确认蛋白质-DNA相互作用的功能相关性
引言和概述
实验策略
染色质免疫沉淀
通过基因破坏或RNA干扰的功能缺失研究
体外蛋白质-DNA复合物的丰度
DNA结合蛋白和靶基因的相对表达模式
蛋白质结合所需核苷酸和调控元件活性所需核苷酸之间的相关性
DNA结合蛋白的过量表达对报告基因或内源基因的反式激活
与相邻控制元件结合的蛋白质间的协作结合和协同效应
基因组足迹模式和体外足迹模式的比较
蛋白质-DNA相互作用的相对亲和力
显性失活突变体
体外转录策略
改变特异性实验
参考文献
9 内源性控制区的体内分析
引言和概述
实验策略
染色质免疫沉淀
DamID
DNase I和DMS基因组足迹
专题9.1 连接介导PCR
高锰酸钾基因组足迹
核小体存在和定位的Southern印迹分析
专题9.2 通过MNase-Southern印迹分析进行核小体定位的低分辨率分析
监测核小体存在和定位的LM-PCR、PCR及ChIP策略
用于分析核小体重塑的体内方法的概述
DNase I高敏感性监测核小体重塑
用于监测核小体重塑的MNase方法
限制性内切核酸酶可及性分析
专题9.3 限制性内切核酸酶可及性-LM-PCR分析
染色质构象捕获
DNA甲基化
技术
方案9.1 MNase-Southern印迹分析
方案9.2 LM-PCR方法
方案9.3 染色质免疫沉淀
参考文献
10 鉴定和表征转录调控因子的结构域
引言和概述
实验策略:定义结构域
功能结构域的鉴定
专题10.1 结构域的计算分析
基本突变原理
专题10.2 表达系统
专题10.3 标签识别与检测的通用方法
序列特异性调控因子的结构域
分离序列特异性调控因子的DNA结合和激活/抑制结构域
专题10.4 VP16激活结构域:个案研究
专题10.5 GAL4:个案研究
专题10.6 KRAB抑制结构域:个案研究
细分DNA识别亚结构域和寡聚化亚结构域
概念和策略: 蛋白质-蛋白质相互作用
共激活因子和共抑制因子的分离及克隆
研究激活结构域与共激活因子相互作用的方法
通过亲和层析研究激活/抑制结构域与其靶标之间的相互作用
改变特异性遗传系统
通用转录机器的结构-功能分析
共激活因子的分析
技术
方案10.1 PCR介导的定点突变
参考文献
11 DNA的调控性转录因子结合
引言和概述
实验策略
DNA-蛋白质相互作用的一般理论和实例
专题11.1 Kd情况的例子
DNA-蛋白质相互作用的分析及建模
专题11.2 SAAB分析
专题11.3 DNase I足迹和外切核酸酶足迹
专题11.4 用于小沟相互作用的化学探针
启动子特异性多组分核蛋白复合物的分析
技术
方案11.1 DNase I足迹
方案11.2 羟自由基足迹
方案11.3 磷酸乙基化干扰分析
方案11.4 甲基化干扰分析
方案11.5 电泳迁移率变动分析
方案11.6 32P末端标记DNA片段的准备
参考文献
12 体外转录和起始前复合物组装
引言和概述
实验策略
提取物的制备
转录分析
专题12.1 测定体外转录的方法
分级分离的系统
专题12.2 纯化的转录因子
基本起始前复合物的形成
开放复合物的形成、起始和启动子逃脱
活化复合物在启动子上的组装
技术
核提取物制备:概述
方案12.1 Dignam和Roeder核提取物
方案12.2 使用HeLa细胞提取物和引物延伸的体外转录
方案12.3 使用HeLa细胞核提取物的无G序列盒体外转录
共激活因子的纯化(方案12.4和方案12.5)
方案12.4 表位标记TFIID的纯化
方案12.5 从表达FLAG标记调解因子亚基的HeLa细胞系中纯化调解因子
方案12.6 固定化模板分析
方案12.7 Pol II开放复合物的高锰酸钾探测
方案12.8 DNA结合TFIID的镁-琼脂糖EMSA
参考文献
13 体外研究染色质动力学:染色质组装、重塑和转录
引言和概述
实验策略
用于组装染色质的策略
专题13.1 DNA模板和重建方法对阵列内核小体定位的影响
组蛋白来源
染色质重建的生化表征
专题13.2 核小体阵列的MNase分析
专题13.3 核小体阵列的EcoRI酶切分析
体外测验组蛋白修饰作用策略
染色质重塑/修饰酶的分析
以染色质模板进行体外转录
技术
方案13.1 鸡红细胞组蛋白八聚体制备
方案13.2 核小体的盐梯度透析重建
方案13.3 利用重组的果蝇ACF和NAP1重建核小体阵列
参考文献
附录:注意事项
索引]]>
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